Wieś Prostyń jest bardzo starą miejscowością, od najdawniejszych czasów była własnością Prostyńskich, szlachty średniozamożnej. Wojny szwedzkie doprowadziły ich do upadku. Ostatni z rodu Prostyńskich – Baltazar – sprzedał swoją część w roku 1660 i przeniósł się do Biercza pod Przemyślem. Suchodolscy zgromadzili po nich fortuny i utworzyli folwark, którego byli dziedzicami przeszło sto pięćdziesiąt lat. Krótki czas Prostyń była w posiadaniu Kudelskich, od nich wieś nabył Kazimierz Łagiewnicki, zmarły na początku dziewiętnastego stulecia. Ostatni właściciel – Stanisław Nikutowicz rozparcelował dobra w 1881 roku pomiędzy włościan.

Jak wskazują kroniki już w 1344 roku był wybudowany drewniany kościół filialny parafii Kosów Lacki, a na utrzymanie osoby duchownej funduszów dostarczali mieszkańcy. Z tego kościoła wg tradycji zachował się do chwili obecnej drewniany krzyż z wyobrażeniem Chrystusa Ukrzyżowanego naturalnej wielkości.

Rozgłos Prostyni przyniosło wydarzenie z 1510 roku, gdy to w uroczystość Trójcy Przenajświętszej miejscowa wieśniaczka, Małgorzata Błażkowa miała widzenie św. Anny, która wyraziła życzenie, aby na wzgórzu wybudowano kościół pod wezwaniem Trójcy Przenajświętszej, a w miejscu Jej objawienia kapliczkę. Prostyńscy, właściciele miejscowych dóbr wybudowali dwa kościoły: ku czci Trójcy Przenajświętszej i ku czci św. Anny. Oni również poprosili biskupa łuckiego Pawła Aligmunta Holszańskiego o erygowanie parafii w Prostyni. Erekcja parafii nastąpiła 15 czerwca 1511 roku.

Prawdopodobnie biskup Holszański przy tej okazji podarował kościołowi największy zabytek zachowany do naszych czasów, piękną późnogotycką figurę Trójcy Przenajświętszej. Ma ona 125 cm wysokości, wyrzeźbiona jest w drzewie lipowym. Przedstawia majestatyczną, piękną postać Boga Ojca siedzącego na tronie, który rękoma podtrzymuje krzyż z postacią Ukrzyżowanego Zbawiciela, a nad krzyżem unosi się Duch Święty w postaci gołębicy. Cała figura symbolizuje tron łaski. Jest bardzo prawdopodobne, że wyszła z kręgu Wita Stwosza.

Kościoły prostyńskie konsekrował w 1543 roku biskup łucki Jerzy Falczewski. Do Prostyni napływali liczni wierni ze wszystkich zakątków Polski, a szczególnie z diecezji łuckiej, płockiej, poznańskiej i wileńskiej. W starej „Księdze Łask” można spotkać pielgrzymów z Białegostoku, Lublina, Poznania i innych miejsc.

W 1547 roku przybyła w pielgrzymce królowa Bona, żona Zygmunta Starego. Modliła się długo w świątyniach i złożyła w ofierze bogate aparaty liturgiczne. Prostyń znalazła się na jednej z najstarszych map ziem polskich – na mapie Wacława Grodeckiego z 1596 roku.