Podczas objawienia się Małgorzacie Błażejowej św. Anna prosiła o postawienie kapliczki na miejscu swego ukazania się. Wierni odpowiedzieli wspaniałomyślnie i wybudowali kościół na wskazanym placu.

W sumie na tym miejscu istniały dwie świątynie w latach:
1. 1511 – 1750,
2. 1750 – 1879.

Pierwszy kościół 1511 – 1750
Informacje o tej świątyni zasadniczo zawarte są w akcie erekcji i fundacji parafii z 1511 r. , statutach synodu diecezji Łuckiej z 1589 r., protokołach wizytacji kanonicznych m in. z lat 1636, 1729, 1737 . Fundatormi kościoła byli bracia: Bogdan, Mikołaj, Maciej i Michał Prostyńscy, którzy przy wsparciu pielgrzymów i mieszkańców okolicznych wiosek wzmieśli tę światynię . Została ona poświęcona przez biskupa Jerzego Falczewskiego, ordynariusza łuckiego, wraz z kościołem Trójcy Przenajświętszej w maju 1543 r. Dzień konsekracji świątyni obchodzono razem z katedrą łucką.


Opis kościoła
Świątynia była wykonana z drewna; swym wyglądem przypominała kościół Trójcy Świętej, choć była mniejszych rozmiarów. Dach pokryto gontem i umieszczono sygnaturkę w wierzyczce na jego środkowej części. Naprzeciw wejścia stała dzwonnica z dwoma dzwonami średniej wielkości. Wokół kościoła grzebano zmarłych . Prezbiterium było skierowane na północ. Po jego wschodniej stronie znajdowała się ambona. Pierwotnie w świątyni były trzy ołtarze, a na początku XVIII w. wspominano również czwarty . Ołtarz główny wykonano w formie tryptyku na wzór tego, który był w kościele Trójcy Świętej. W centrum, między kolumnami, wisiał obraz św. Anny a po bokach; św. Antoniego i św. Stanisława – biskupa. Część nastawy była pozłocana a część pomalowana. W tym ołtarzu przechowywano Najświętszy Sakrament . Drugi ołtarz był poświęcony św. Rochowi. Na pocz. XVIII w. wstawiono w miejsce starego nowy obraz tego wspomożyciela chorych. (Obraz ten zachował się do współczesności i jest po prawej stronie prezbiterium kościoła parafialnego w Prostyni). W trzecim ołtarzu umieszczono obraz św. Antoniego, a czwarty był poświecony św. Stanisławowi Kostce.


Burzliwe dzieje świątyni
Trudne warunki jakie przeżywała Rzeczpospolita w XVII w miały wpływ na losy prostyńskich kościołów, w sposób szczególny kościoła św. Anny. W 1648 r na tych terenach był nieurodzaj, powodzie w latach 1650 – 1651, a do tego epidemie . Ks. Obłoza opierając się na dokumencie sporządzonym przez ówczesnego proboszcza napisał, że wiele domow zupełnie opustoszało, a zmarłych grzebano nawet w lasach i na polach . Do tego w 1657 r. Szwedzi pod dowództwem Karola Gustawa splądrowali i częściowo spalili Prostyń, Treblinkę, Poniatowo i Grądy . Na swej drodze nie oszczędzali nawet świątyń i osób duchownych. Gdy przybyli do Prostyni proboszcz zdołał ukryć się w lasach za Złotkami ratując część paramentów liturgicznych. Wikariusz, ks. Marcjan Rybieński, który ukrył się w kościele św. Anny został odnaleziony i w tej świątyni zabity . Najeźdźcy sprofanowali obydwa kościoły i ukradli cenne przedmioty ze złota i srebra. Statua Trójcy Przenajświętszej ocalała zapewne dlatego, że została dobrze ukryta. Z tego okresu pochodzą jednak uszkodzenia krzyża Tronu Łaski . Podczas tego najazdu Szwedzi oprócz Prostyni zabili dwóch kapłanów w Ceranowie; kościół w Węgrowie ograbili a w Kosowie spalili . Szczytem okrucieństwa szwedzkiego na Podlasiu było zabicie siedmiu niewinnych franciszkanów w Drohiczynie i palenie miasta przez cztery i pół miesiąca.

Na szczęście w Prostyni świątynie ocalały. W publikacjach opisujących ten okres z życia sanktuarium czasem pojawia się stwierdzenie, że w 657 r. kościół św. Anny został spalony [a odbudowany dopiero w 1750 r.] Jednak jest to pomyłka, ponieważ dokumenty archiwalne z lat: 1726 1729 i 1737 wspominają go i dokładnie opisują . Niemniej jednak straty były poważne. Na początku XVIII w. Świątynia wymagała gruntownego remontu. Trzeba było naprawić dach, zadbać o ławki, odnowić wnętrze i restaurować organy. W takiej sytuacji zdecydowano się w połowie XVIII stulecia na wybudowanie nowego kościoła na miejscu objawienia się św. Anny.

Drugi kościół 1750 – 1879 r.
O tej świątyni znajdujemy wiadomości w licznych dokumentach wizytacji kanonicznych oraz inwentarzach z lat: 1775 , 1787 , 1792 , 1798 , 1811 . Na temat drugiego kościoła św. Anny wspominają także księgi Tajnego Archiwum Watykańskiego . Nowy Dom Boży ufundował w 1750 r. dziedzic dóbr Prostyńskich Barnaba Suchodolski, łowczy podlaski, a od 1744 r kapitan regimentu gwardii pieszej koronnej (zm. W 1759 r.) . Nowy kościół został postawiony na miejscu pierwszego. Wykonany z drewna miał na szczycie kopułę z sygnaturką oraz dwie wierze. W jedej z nich zawieszony był dzwon. Dach pokryto dachówką, teren ogrodzono staraniem ks. A. Obrokczyńskiegook 1780 r. Nowe ogrodzenie było konieczne szczególnie dlatego, że wokół kościoła w dalszym ciągu grzebano zmarłych. W świątyni były trzy ołtarze. W głównym, gdzie przechowywano Najświętszy Sakrament wisiał obraz św. Anny, w prawej nawie św. Rocha a w lewej św. Antoniego – tak jak to było w poprzednim kościele. Ołtarze wykonano z drewna dębowego prostą snycerską robotą, bez wyzłacania i malowania. Do tego prosta ambona stolarskiej roboty. Na chórze był tzw. pozytyw sześciogłosowy. Szczególną troską mieli tę świątynię otaczać mieszkańcy Kępy Biskupiej, Rytel Święckich i Treblinki.

Świątynia została pobłogosławiona, do końca swego istnienia nie była konsekrowana. W niespełna 50 lat po wybudowaniu kościół ten wymagał gruntownej renowacji. W inwentarzu z 1798 r. czytamy: „Kościółek Anny Świętey albo raczey Kaplica całkiem tak, wewnątrz iako i zewnątrz naprawiona. Wieżyczki zrzucone i dachówka zebrana a dach cały gontami pokryty”. W słabym stanie był tez kościół Trójcy Przenajświętszej, który w 1799 r. zdemontowano. Wtedy życie liturgiczne parafii przeniosło się do małego kościoła św. Anny. W 1805 Ojciec Święty Pius VII udzielił odpustu zupełnego, który można było uzyskać w tej świątyni w przeciągu czterech lat. Kto wyspowiadał się, przyjął Komunię Świętą, wzbudził akt żalu doskonałego i mógł uzyskać taki odpust w następujące dni: św. Stanisława Męczennika 8 maja, św. Rocha (jeśli wypadnie w tym dniu niedziela to w poniedziałek po niej), św. Joachima tj. w pierwszą niedzielę września oraz w niedzielę przypadającą po uroczystości Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny . Kościół św. Anny ubogacony papieskimi odpustami służył do 1860 r. kiedy to nastąpiło poświęcenie nowej świątyni pw. Świętej Trójcy na wzgórzu prostyńskim. Do tego czasu starano się wykonywać konieczne remonty kościółka św. Anny. Jednak był on w tak słabym stanie, że został rozebrany w 1879 r. Materiały budowlane uzyskane z tej rozbiórki użyto do budowy plebani, która stała do 1954. r.

Znaczenie kościołów św. Anny
Dwie wyżej opisane świątynie odegrały bardzo istotną rolę w dziejach sanktuarium. Zwróćmy uwagę na chociażby trzy aspekty: po pierwsze – stały one na miejscu gdzie objawiła się św. Anna i przypominały o tym wydarzeniu; po wtóre – obraz Matki Maryi był uważany za słynący łaskami i cudami, o czym świadczą zapisy w kilku dokumentach . [Chociaż obraz się nie zachował, można przypuszczać, że wizerunek umieszczony na medaliku prostyńskim przedstawiający św. Annę Samotrzeć był wzorowany na tym obrazie]; po trzecie – na tym miejscu dokonywały się liczne uzdrowienia. Przykładem tego jest chociażby Kacper Łuniewski (1542) czy dziecko Wawrzyńca i Franciszki Suchodolskich (1799 r.) . Dlatego pielgrzymi przybywający do sanktuarium zatrzymywali się na modlitwie także w kościele św. Anny – wśród nich królowa Bona, żona Zygmunta Starego w 1547 r. W związku z tym obie świątynie cieszyły się licznymi odpustami i przywilejami nadanymi przez Stolicę Apostolską . W opisywanym kościele obchodzono odpusty we wspomnienia liturgiczne św. Anny, św. Stanisława, św. Rocha, św. Joachima i św. Mikołaja . Współcześnie na miejscu gdzie stały opisywane kościoły stoi krzyż, a obok wybudowany po II wojnie światowej Ośrodek Zdrowia. Jeszcze w XX odbywały się procesje zmierzające z kościoła Trójcy Przenajświętszej do miejsca objawień św. Anny. Obecnie rolę opisywanych świątyń przejęła kapliczka św. Anny stojąca naprzeciw dzwonnicy.